Amb l'indult, als presos se'ls perdona la pena de presó però se'ls manté la inhabilitació. Per tant, els presos no podran ocupar càrrecs públics ni treballar per a administracions fins que compleixin la pena d'inhabilitació, que era del mateix temps que la de privació de llibertat, és a dir, entre els 9 i els 13 anys. La inhabilitació no afecta els càrrecs interns en institucions privades. D'aquesta manera, Junqueras podrà continuar sent el president d'Esquerra; Cuixart, el d'Òmnium; i Sànchez, el secretari general de JxCat.
El president d'Òmnium, Jordi Cuixart, i l'aleshores president de l'Assemblea Nacional, Jordi Sànchez, van ser els primers d'ingressar a la presó, el 16 d'octubre del 2017, per ordre de Carmen Lamela, que en aquell moment era jutgessa de l'Audiència Nacional.
Els 2 de novembre, hi entraven els consellers del govern de l'1-O que no s'havien exiliat: Oriol Junqueras, Joaquim Forn, Raül Romeva, Jordi Turull, Josep Rull, Dolors Bassa, Carles Mundó, Meritxell Borràs i Santi Vila. L'exalcalde de Figueres només hi va passar una nit perquè va poder pagar una fiança de 50.000 euros. El 4 de desembre, a les portes de les eleccions al Parlament del 21D, van poder sortir sota fiança Romeva, Turull, Rull, Bassa, Mundó i Borràs. Només van quedar en presó preventiva Junqueras, Forn, Cuixart i Sànchez.
Tanmateix, el 23 de març del 2018, enmig de les dues votacions de la investidura de Jordi Turull, el jutge del Suprem Pablo Llarena va citar a declarar Romeva, Turull, Rull i Bassa i l'expresidenta del Parlament Carme Forcadell i va decretar presó provisional sense fiança per a tots. Després de gairebé dos anys en presó provisional i quatre mesos de judici, el 14 d'octubre del 2019 el Tribunal Suprem va condemnar-los a penes d'entre 9 i 13 anys de presó pels delictes de sedició i malversació.
